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何源
北京中关村学院导师
何源，北京中关村学院副教授，国家级海外青年人才。主要从事DNA调控元件功能解析与智能设计、肿瘤新抗原靶点发现等研究，致力于构建基因组与细胞多组学人工智能大模型，推动AI技术在肿瘤诊断、药物靶点发现及免疫疗法设计中的转化应用。已发表中科院一区SCI论文9篇，Google Scholar总引用超过9,000次，以第一作者或共同第一作者身份在Nature、Genome Biology等期刊发表多篇论文。现主持国家自然科学基金青年科学基金项目（C类）、北京市自然科学基金重点项目等科研项目。
个人主页： https://scholar.google.com/citations?user=nLHzBH4AAAAJ
邮箱：heyuan@bza.edu.cn
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邮箱：heyuan@bza.edu.cn
I. 研究方向
• 开发基因组大模型，解析DNA序列在多场景下的功能，挖掘疾病诊断与治疗靶点
• 开发生成式大模型，设计DNA功能元件，重塑细胞调控网络，推动基因/细胞疗法设计
• 结合肿瘤基因组与免疫微环境数据，探索肿瘤免疫相关机制与免疫治疗靶点
II. 教育经历
2009-2013 北京大学 学士
2013-2021 约翰霍普金斯大学 硕士，博士（Alexis Battle课题组）
III. 工作经历
2021-2025 亚马逊公司 应用科学家
2025-2025 微软研究院科学智能中心 高级研究员
IV. 代表性学术论文
[1] Wenz B.M. *, He Y*, et al. Genotype inference from aggregated chromatin accessibility data reveals genetic regulatory mechanisms. Genome Biology, 2025.
[2] He Y, et al.. sn-spMF: matrix factorization informs tissue‑specific genetic regulation of gene expression. Genome Biology,
[3] GTEx Consortium: Lead analysts: Aguet F*, Brown A.A. *,Castel S.E. *, Davis J.R. *, He Y*, Jo B*, Mohammadi P*, Park Y*, Parsana P*, Segrè A.V. *, Strober B.J. *, Zappala Z. Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature. 2017.
[4] Dutta D, He Y, et al.. Sparse Canonical Correlation Analysis to Detect Trans‑Regulated Genes and Proteins Related to Traits. Nature Communications, 2022.
[5] Chen Z, Arai E, Khan O, Zhang Z, Ngiow S, He Y, et al. In vivo CRISPR screening identifies Fli1 as a transcriptional safeguard that restrains effector CD8 T cell differentiation during infection and cancer. Cell , 2021.
[6] Liu X, Mefford JA, Dahl A, He Y, et al. GBAT: a gene‑based association test for robust detection of trans‑gene regulation. Genome Biology , 2020.
[7] GTEx Consortium (He Y is one of the analysts). The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues. Science , 2020.
[8] GTEx Consortium (He Y is one of the analysts), et al. A quantitative proteome map of the human body. Cell , 2020.