研究方向

1. 蛋白质进化与基础模型的构建

构建具备生物进化约束的蛋白质语言模型，显式建模蛋白质进化关系，实现新型蛋白质序列生成与新功能蛋白挖掘。

2. 新型基因编辑系统的挖掘与结构解析

构建基于宏基因组与深度学习模型的基因编辑系统挖掘框架，结合冷冻电镜解析新型系统的结构，拓展基因编辑工具箱。

3. 病毒暗物质发现：新病毒的挖掘与验证

通过生物信息学、结构生物学、蛋白质语言模型等方法，发现新病毒，认识新病毒，解释新病毒。

代表性学术论文

1. Sun A#, Li CP#, Chen Z#, Zhang S#, Li DY, Yang Y, Li LQ, Zhao Y, Wang K, Li Z, Liu J, Liu S, Wang J*, Liu JG*. The compact Casπ (Cas12l) 'bracelet' provides a unique structural platform for DNA manipulation. Cell Research. 2023 Mar;33(3):229-244.

2. Zhang S#, Sun A#, Qian JM#, Lin S#, Xing W, Yang Y, Zhu HZ, Zhou XY, Guo YS, Liu Y, Meng Y, JinSL, Song W, Li CP, Li Z, Jin S, Wang JH, Dong MQ, Gao C, Chen C*, Bai Y*, Liu JG*. Pro-CRISPR PcrIIC1-associated Cas9 system for enhanced bacterial immunity. Nature. 2024 May 29. Epub ahead of print. PMID: 38811729.

3. Liu ZX#, Zhang S#, Zhu HZ#, Chen ZH#, Yang Y#, Li LQ#, Lei Y, Liu Y, Li DY, Sun A, Li CP, Tan SQ, Wang GL, Shen JY, Jin S, Gao C, Liu JG*. Hydrolytic endonucleolytic ribozyme (HYER) is programmable for sequence-specific DNA cleavage. Science. 2024 Feb 2;383(6682):eadh4859.

4. Tsuchida CA#, Zhang S#, Doost MS#, Zhao Y#, Wang J, O'Brien E, Fang H, Li CP, Li D, Hai ZY, Chuck J, Brötzmann J, Vartoumian A, Burstein D, Chen XW, Nogales E, Doudna JA*, Liu JG*. Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity. Molecular Cell. 2022 Mar;82(6):1199-1209.e6.

5. Zhang P, Li CP, Ji X, Gao M, Lyu S, Dai X, Du J*. In silico screening and surface plasma resonance-based verification of programmed death 1-targeted peptides. Chemical Biology & Drug Design. 2020 Mar;95(3):332-342.

主要成就与荣誉

博士研究生国家奖学金（2023、2024）

北京市优秀毕业生（2025）

清华大学优秀博士学位论文（2025）

清华大学启航奖（2025）

清华大学优秀学生干部（2025）

清华大学人工智能青年论坛生命医学分论坛一等奖（2025）

中国生物化学与分子生物学会罗氏大学研究基金（2024）